La hernie hiatale est une anomalie anatomique : la partie supérieure de l'estomac a tendance à remonter dans le thorax, alors que normalement tout l'estomac doit se trouver dans la cavité abdominale. Cette anomalie entraîne un reflux gastro-oesophagien qui est provoqué par la remontée du contenu de l'estomac, le plus habituellement acide, vers l'oesophage, en quantité et en fréquence anormale.